Quyết định 194/CT ngày 09/08/1986 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, đã quyết định thành lập hai khu rừng đặc dụng độc lập ở phía tây nam tỉnh Nghệ An: Khu Bảo tồn Thiên nhiên Anh Sơn, huyện Anh Sơn với diện tích 1.500 ha và Khu Bảo tồn Thiên nhiên Thanh Thủy, huyện Thanh Chương với diện tích 7.000 ha. Hai khu bảo tồn trên sau này được kết hợp làm một để thành lập Khu Bảo tồn Thiên nhiên Pù Mát tại các huyện Anh Sơn, Con Cuông và Tương Dương (Bộ NN&PTNT, 1997).
Năm 1993, Viện Điều tra Quy hoạch Rừng đã xây dựng dự án đầu tư Khu Bảo tồn Thiên nhiên Pù Mát. Bản kế hoạch đầu tư này đã được Bộ Lâm nghiệp thẩm định theo văn bản số 343/LN-KH ngày 20/02/1995 và được UBND tỉnh Nghệ An phê duyệt theo Quyết định số 3355/QĐ-UB ngày 28/12/1995.
Ngày 21/11/1996, Quyết định số 876/QĐ-TTg của Thủ tuớng Chính phủ về việc phê duyệt Dự án Lâm nghiệp xã hội và Bảo tồn thiên nhiên khu Pù Mát, tỉnh Nghệ An, do EU tài trợ.
Ngày 21/5/1997, Quyết định số 2150/QĐ-UB của UBND tỉnh Nghệ An về việc thành lập Khu BTTN Pù Mát và thuộc sự quản lý của Chi cục kiểm lâm tỉnh Nghệ An.
Kế hoạch đầu tư mới cho Pù Mát được Viện Điều tra Quy hoạch Rừng xây dựng năm 2000, đề xuất chuyển hạng mục quản lý rừng đặc dụng từ khu bảo tồn thiên nhiên thành vườn quốc gia. Bản kế hoạch đầu tư được UBND tỉnh Nghệ An phê duyệt ngày 20/06/2000 theo Quyết định số 2113/QĐ-UB và được Bộ NN&PTNT phê duyệt ngày 26/06/2000 theo Công văn số 2495/QĐ/BNN-KH. Ngày 8/11/2001, Quyết định số 174/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển hạng khu BTTN Pù Mát, tỉnh Nghệ An thành Vườn Quốc gia. Theo Quyết định này, tổng diện tích VQG là 91.113 ha, trong đó phân khu bảo vệ nghiêm ngặt là 89.517 ha, phân khu phục hồi sinh thái là 1.569 ha. Pù Mát hiện thuộc sự quản lý tài chính của UBND tỉnh Nghệ An, trong khi kế hoạch quản lý được giao cho Chi cục kiểm lâm tỉnh.
Pù Mát có trong danh lục các khu rừng đặc dụng Việt Nam đến năm 2010 được xây dựng bởi Cục Kiểm lâm – Bộ NN&PTNT với diện tích 91.113 ha (Cục Kiểm lâm, 2003), danh lục này hiện vẫn chưa được Chính phủ phê duyệt.