Thành phần loài: Tổng hợp kết quả các đợt điều tra từ trước đến nay cho thấy hệ thực vật Pù Mát có số lượng loài tương đối phong phú. Bước đầu ghi nhận được Vườn quốc gia Pù Mát có 1.297 loài thuộc 607 chi và 160 họ của 6 ngành thực vật bậc cao có mạch. Kết quả trong bảng 1 cho ta thấy khu hệ thực vật Vườn quốc gia Pù Mát phong phú về thành phần loài, nhất là ngành Ngọc lan (Magnoliophyta) chiếm 92,91%. Sự phong phú này ngoài yếu tố bản địa, vị trí địa lý thuận lợi đã tạo nên sự du nhập dễ dàng của nhiều luồng thực vật từ các vùng khác nhau. Đó là luồng thực vật Hymalaya – Vân Nam – Quý Châu di cư xuống với các loài đại diện trong ngành Thông (Pinophyta) và các loài lá rộng rụng lá. Luồng thực vật Malaysia – Indonesia từ phía Nam đi lên với các đại diện thuộc họ Dầu (Dipterocarpaceae). Luồng thực vật India – Myanmar từ phía Tây di cư sang với các đại diện thuộc họ Tử vi (Lythraceae), Bàng (Combretaceae). Đặc biệt, ở Vườn quốc gia Pù Mát, khu hệ thực vật bản địa Bắc Việt Nam – Nam Trung Hoa chiếm một tỷ trọng lớn nhất. Trong số 160 họ thực vật tìm thấy có tới 40 họ có trên 10 loài. Họ Cà phê Rubiaceae phong phú hơn cả (92 loài), tiếp đến họ Thầu Dầu (Euphorbiaceae) 67 loài, họ Re (Lauraceae 58 loài), họ Dẻ (Fagaceae), họ Dâu Tằm (Moraceae) 42 loài, họ Cam (Rutaceae), họ Lan (Orchidaceae) 31 loài, họ Đậu (Fabaceae) 30 loài… Đặc biệt có tới 22 họ chỉ có 1 chi với 1 loài duy nhất.
Tuy nhiên, vai trò lập quần thể thực vật lại thuộc về một số họ như họ Dầu (Dipterocarpaceae), họ Dẻ (Fagaceae), họ Re (Lauraceae), họ Trâm (Myrtaceae), họ Xoan (Meliaceae), họ Trám (Burseraceae), họ Hoàng Đàn (Cupressaceae), họ Bụt Mọc (Taxodiaceae), họ Hoà Thảo với loài nứa (Taeniostachyum dulloa) phát triển rất mạnh trên những nơi bị mất rừng.
Bảng 1. Danh mục thực vật có mạch ở Vườn quốc gia Pù Mát
Ngành thực vật | Số họ | Số chi | Số loài |
Ngành lá thông (Psilotophyta) | 1 | 1 | 1 |
Ngành Thông đất (Lycopodiophyta) | 2 | 3 | 7 |
Ngành Mộc Tặc (Equicetophyta) | 1 | 1 | 1 |
Ngành Dương Xỉ (Polypodiophyta) | 16 | 45 | 74 |
Ngành Thông (Pinophyta) | 5 | 8 | 9 |
Ngành Ngọc Lan (Magnoliophytal) | 135 | 547 | 1205 |
Lớp Ngọc Lan (Magnoliopsida) | 115 | 463 | 1051 |
Lớp Hành (Liliopsida) | 20 | 86 | 154 |
Tổng cộng | 160 | 607 | 1297 |
Các loài thực vật quý hiếm đang có nguy cơ bị tiêu diệt: Trong số 1.297 loài đã được ghi nhận thì có 37 loài nằm trong Sách Đỏ Việt Nam, trong đó: 1 loài cấp (E), 12 loài sắp nguy cấp (V), 9 loài hiếm R, 3 loài bị đe doạ (T) và 12 loài biết không chính xác. Có 20 loài được liệt kê trong Danh mục Đỏ của IUCN (2002) và gồm 1 loài cấp E, 3 loài cấp V và 16 loài cấp R.
Tài nguyên thực vật: Bước đầu đã thống kê được 920 loài thực vật thuộc 7 nhóm công dụng:
(+) Nhóm cây gỗ (W): có 330 loài cho gỗ thuộc ngành Ngọc Lan và ngành Thông, chiếm 24,44% tổng số loài ghi nhận. Đặc biệt ở đây có nhiều loài gỗ quý như pơmu (Fokinea hodginsii), sa mộc quế phong (Cunninghamia konishiii), giáng hương quả to (Pterocarpus macrocarpus), gụ lau (Sindora tonkinensis), lát hoa (Chukrasia tabularis)… Nhóm gỗ tứ thiết như đinh (Markhamia Stipulata), sến mật (Madhuca pasquieri) dùng làm ván sàn, bệ máy, tàu thuyền. Nhiều loài cây cung cấp gỗ xây dựng, làm đồ gia dụng rất tốt như các loài trong họ Ngọc Lan, họ Xoan, họ Dẻ và đặc biệt là họ Dầu. Các nhóm công dụng khác như cung cấp vật liệu điêu khắc, làm đệm, sản xuất các văn phòng phẩm cũng có nhiều loại.
(+) Nhóm cây thuốc (M): Đã thống kê được 197 loài thực vật dùng làm thuốc (chiếm 15,2% tổng số loài) thuộc 83 họ thực vật khác. Các họ có nhiều loài cây thuốc là: Họ Cà phê (Rubiaceae): 17 loài; họ Cúc (Asteraceae): 13, họ Thầu dầu (Euphorbiaceae): 10 loài, họ Cam (Rubiaceae): 9 loài; họ Đơn Nem (Myrsinaceae): 7 loài.
Tuy số lượng họ có nhiều loài lớn nhưng trữ lượng của các loài lại không cao. Một số loài có triển vọng là chân chim (Scheffera octophylla), hà thủ ô trắng (Streptocaulon griffithii), thường sơn (Dichroa febrifuga), củ mài (Dioscorea persimilis), thổ phục linh (Smilax glabra), thiên niên kiện (Homamena occulta). Một số loài câu thuốc rất quý nhưng tiếc rằng hiện rất hiếm như hoàng nàn (Strychnos wallichii), hoàng đằng (Fibraurea recsa), ba kích (Morinda officinalis), bình vôi (Stephania rottunda),…
(+) Nhóm cây ảnh (O); Có 74 loài chiếm 5,4% tổng số loài trong vùng, phần lớn các loài thuộc dạng thân thảo hoặc cây bụi. Cùng với sự phát triển kinh tế là nhu cầu về cây cảnh để trang trí nội thất, đường sá, công viên ngày càng cao. Vì vậy, việc quản lý bảo vệ nguồn cây cảnh này, nhất là các loài phong lan (Orchdaceae), cau dừa (Areacaceae), tuế (Cycadaceae) càng cần được quan tâm.
(+) Nhóm cây làm thực phẩm (F): Kết quả thống kê cho thấy, nhóm cây thực phẩm có khoảng 118 loài thuộc 57 họ, chiếm 9,1% trong tổng số loài, trong đó có nhiều loài cho quả, hạt, rau ăn rất ngon như Cà ổi Bắc Giang (Castanopsis boisii), Đại hái (Hodgsonia macrocarpa), Bứa (Garcinia spp.), Vả (Ficus auricularia), Củ mài (Dioscorea spp.), Rau sắng (Melientha suavis), Rau bò khai (Erythropalum scandens), các loài măng tre nứa. Tuy thành phần loài cây thực phẩm khá phong phú nhưng hiện chúng đang phải đối mặt với áp lực khai thác quá mức của cộng đồng dân địa phương. Ngoài ra, thực vật Vườn quốc gia Pù Mát còn cung cấp nhiều nguyên liệu khác như song mây, lá nón, lá cọ, sợi, tre, dầu nhựa… để làm hàng gia dụng và xuất khẩu.