1. Lãnh đạo:
Giám đốc và 2 Phó Giám đốc.
+ Giám đốc đồng thời là Hạt trưởng Hạt kiểm lâm Vườn quốc gia Pù Mát là người đứng đầu Vườn Quốc gia Pù Mát; chịu trách nhiệm trước Chủ tịch UBND tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ các hoạt động của Vườn.
+ Phó Giám đốc giúp Giám đốc chỉ đạo một số mặt công tác, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Giám đốc và Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của nhà nước.
2. Các phòng chuyên môn và Bộ phận trực thuộc
a) Phòng Hành chính – Tổng hợp.
b) Phòng Nghiên cứu Khoa học – Hợp tác quốc tế;
c) Hạt Kiểm lâm Vườn bao gồm:
+ Văn phòng Hạt.
+ Đội Kiểm lâm cơ động;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Khe Thơi;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Tam Đình;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Khe Choăng;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Khe Bu;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Khe Kèm;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Cò Phạt;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Phà Lài;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Làng Yên;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Cao Vều;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Tam Hợp;
+ Trạm Quản lý bảo vệ rừng Lục Dạ;